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FHIR ODBC Driver
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FHIR ODBC ドライバーは、ODBC 接続をサポートする任意のアプリケーションからリアルタイムなFHIR アカウントデータに直接接続できるパワフルなツールです。標準のODBC ドライバーインタフェースを使用して、データベースのようにFHIR データにアクセスし、読み、書き、更新を実行できます。
CData
こんにちは！ドライバー周りのヘルプドキュメントを担当している古川です。
CData ODBC Driver for FHIR を使えば、豊富なPython のエコシステムを使ったデータ連携が簡単に行えます。CData Linux/UNIX ODBC Driver for FHIR とpyodbc module を使って、簡単にFHIR に連携するPython アプリケーションを構築したり、データ分析が手軽に行えます。本記事では、pyodbc のビルトイン関数を使って、FHIR に接続し、クエリを実行、表示する方法を説明します。
CData ODBC ドライバは、以下のような特徴を持ったリアルタイムデータ連携ソリューションです。
CData ODBC ドライバでは、1.データソースとしてFHIR の接続を設定、2.Linux 側でODBC Driver との接続を設定、という2つのステップだけでデータソースに接続できます。以下に具体的な設定手順を説明します。
CData ODBC Drivers は、Ubuntu、Debian、RHEL、CentOS、Fedora などの様々なRed Hat ベースおよびDebian ベースのシステムでサポートされています。必要なライブラリとパッケージもいくつかあり、システムによってはそれらがデフォルトでインストールされる場合があります。Linux オペレーティングシステムのサポートされているバージョンと必要なライブラリの詳細については、ヘルプドキュメント（オンラインでインストールおよび検索）の［はじめに］セクションを参照してください。
ドライバーをインストールする前に、システムにドライバーマネジャーがあることを確認してください。この記事では、広くサポートされている無料のオープンソースODBC ドライバーマネジャーであるunixODBC を使用します。
Ubuntu のようなDebian ベースのシステムの場合、APT パッケージマネジャーを使用してunixODBC をインストールできます。
$ sudo apt-get install unixODBC unixODBC-dev
Red Hat Linux に基づくシステムの場合、yum またはdnf を使用して、unixODBC をインストールできます。
$ sudo yum install unixODBC unixODBC-devel
unixODBC ドライバーマネジャーは、odbcinst.ini ファイルからドライバーに関する情報を読み取り、odbc.ini ファイルからデータソースに関する情報を読み取ります。 ターミナルに以下のコマンドを入力すると、システム上の構成ファイルの場所を特定できます。
$ odbcinst -j
コマンドの出力には、ODBC データソースと登録済みのODBC ドライバーの構成ファイルの場所が表示されます。 ユーザーデータソースには、odbc.ini が存在するホームフォルダを持つユーザーアカウントからのみアクセスできます。システムのデータソースには、すべてのユーザーがアクセスできます。 以下は、このコマンドの出力例です。
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /home/myuser/.odbc.ini
SQLULEN Size.......:8
SQLLEN Size........:8
SQLSETPOSIROW Size.:8
標準パッケージ形式（Debian .deb パッケージ形式または.rpm ファイル形式）でドライバーをダウンロードすることができます。フィルをダウンロードしたら、ターミナルからドライバーをインストールできます。
ドライバーインストーラーは、ドライバーをunixODBC に登録し、システムDSN を作成します。これは、後にODBC 接続をサポートするツールやアプリケーションで使用できます。
Ubuntu のようなDebian ベースのシステムの場合、sudo を付けるか、root として次のコマンドを実行します。
$ dpkg -i /path/to/package.deb
Red Hat システムおよび.rpms をサポートするその他のシステムの場合には、sudo またはroot として以下のコマンドを実行します。
$ rpm -i /path/to/package.rpm
ドライバーがインストールされると、unixODBC ドライバーマネジャーを使用して、登録されたドライバーと定義されたデータソースを一覧表示できます。
$ odbcinst -q -d
CData ODBC Driver for FHIR
...
$ odbcinst -q -s
CData FHIR Source
...
CData ODBC Driver for FHIR をunixODBC で使用するには、ドライバーがUTF-16 を使用するように構成されていることを確認してください。これを行うには、以下のように、インストール場所のlib フォルダ(通常は、/opt/cdata/cdata-odbc-driver-for-fhir) にあるドライバーのINI ファイル(cdata.odbc.fhir.ini) を編集します。
...
[Driver]
DriverManagerEncoding = UTF-16
ドライバーのインストールにより、システムDSN が事前定義されます。システムデータソースファイル（/etc/odbc.ini）を編集し、必要な接続プロパティを定義することで、DSN を変更できます。さらに、$HOME/.odbc.ini で変更するためにroot アクセスを必要としない、ユーザー固有のDSN を作成できます。
URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
[CData FHIR Source]
Driver = CData ODBC Driver for FHIR
Description = My Description
URL = http://test.fhir.org/r4b/
ConnectionType = Generic
ContentType = JSON
AuthScheme = None
これらの構成ファイルの使用に関する具体的な情報については、、ヘルプドキュメントを参照してください。
以下のステップに従ってpyodbc をインストールし、Python オブジェクトを介してFHIR へのアクセスを開始できます。
pip ユーティリティを使用してモジュールをインストールできます。
pip install pyodbc
必ず以下のコードでモジュールをインポートしてください。
import pyodbc
これで、ODBC 接続文字列またはDSN で接続できます。以下は、接続文字列の構文です。
cnxn = pyodbc.connect('DRIVER={CData ODBC Driver for FHIR};URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;')
以下は、DSN の構文です。
cnxn = pyodbc.connect('DSN=CData FHIR Sys;')
Cursor をインスタンス化し、Cursor クラスのexecute メソッドを使用してSQL ステートメントを実行します。
cursor = cnxn.cursor()
fetchall、fetchone、およびfetchmany を使用し、SELECT ステートメントから返されたRows を取得できます。
import pyodbc
cursor = cnxn.cursor()
cnxn = pyodbc.connect('DSN=CData FHIR Source;User=MyUser;Password=MyPassword')
cursor.execute("SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'")
rows = cursor.fetchall()
for row in rows:
print(row.Id, row.[name-use])
パラメータ化されたクエリをシーケンスまたは因数リストで提供できます。
cursor.execute(
"SELECT Id, [name-use]
FROM Patient
WHERE [address-city] = ?", 'New York',1)
getinfo メソッドを使用してデータソースやドライバーの機能に関する情報などのデータを取得できます。getinfo メソッドは、入力をODBC SQLGetInfo メソッドに渡します。
cnxn.getinfo(pyodbc.SQL_DATA_SOURCE_NAME)
CData ODBC Driver for FHIR を使用してFHIR に接続できるLinux/UNIX 環境で、Python アプリを構築することができるようになりました。
このようにCData ODBC ドライバと併用することで、270を超えるSaaS、NoSQL データをコーディングなしで扱うことができます。30日の無償評価版が利用できますので、ぜひ自社で使っているクラウドサービスやNoSQL と合わせて活用してみてください。
CData ODBC ドライバは日本のユーザー向けに、UI の日本語化、ドキュメントの日本語化、日本語でのテクニカルサポートを提供しています。